Air Alps Aviation wurde 1998 gegründet und begann den Flubgetrieb in Kooperation mit KLM unter der Marke "KLM alps" am 28. März 1999. Als Fluggerät dienten zwei Dornier 328 mit 31 Sitzplätzen. Die ersten Routen führten von Innsbruck und Salzburg nach Amsterdam. Im Jahr darauf ergänzten drei weitere Dorniers die Flotte, sodaß im Jahr 2001 bereits der 250.000ste Passagier begrüßt werden konnte. Im gleichen Jahr wurde auch der Markenauftritt auf "Air Alps" geändert.
Im Jahr 2004 schlitterte die Airline jedoch in wirtschaftliche Schwierigkeiten die durch Erlösrückgänge und das rasche Wachstum der Fluglinie erklärt wurden. Dank Schuldenerlässen und diverser Zuwendungen konnte der Flugbetrieb gesichert werden.
Ab 2005 konzentrierte sich Air Alps auf den italienischen Markt und ging eine Kooperation mit Alitalia ein. 2008 konnte sich die Fluglinie über die IOSA-Zertifizierung freuen.
Im Juni 2009 meldete Air Alps den Ausgleich an (Link). Gleichzeitig wurde ein Sparprogramm mit Mitarbeiterabbau sowie der Abgabe von Flugzeugen bekannt gegeben. Im Dezember wurde die groteilige Übernahme durch Welcome Air bekannt gegeben.
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